Aukščiausia NATO institucija – Šiaurės Atlanto taryba. Tarybą sudaro visų Aljanso narių nuolatiniai atstovai. Taryba taip pat susirenka aukštesniu lygiu, dalyvaujant užsienio reikalų ministrams, gynybos ministrams arba valstybių vadovams, bet, nepriklausomai nuo to, kokiu lygiu ji susitinka, jos valdžia ir sprendimų priėmimo galia išlieka tokia pati, o jos sprendimai turi tą patį statusą bei galiojimą.
Šiaurės Atlanto Tarybai pirmininkauja Generalinis Sekretorius, kuris visų Aljanso valstybių sutarimu išrenkamas ketverių metų kadencijai. Pagrindinė NATO Generalinio sekretoriaus pareiga – koordinuoti ir plėtoti konsultacijų ir sprendimų priėmimų procesą visame Aljanse.