Pagrindinės ministerijos kanclerio atsakomybės sritys – ministerijos strateginio veiklos plano rengimas ir įgyvendinimas, administracinė ūkinė veikla, duomenų ir įslaptintos informacijos apsauga, korupcijos prevencija ir kontrolė krašto apsaugos sistemoje, vidaus kontrolė bei kiti klausimai.