Ministerijos įkūrimo istorija
1990 m. kovo 11 d. paskelbus Lietuvą nepriklausoma valstybe, 1990 m. kovo 23 d. Lietuvos Respublikos Aukščiausioji Taryba pirmą kartą mėgino įkurti valstybės apsaugos instituciją patvirtindama Respublikos ministrus. Krašto apsaugos ministru buvo siūlomas Lietuvos Respublikos Aukščiausiosios Tarybos deputatas Vidmantas Povilionis. Šį siūlymą nemažai Aukščiausiosios Tarybos deputatų sutiko priešiškai.
Žinodama antikariškas Aukščiausiosios Tarybos deputatų nuostatas, 1990 m. balandžio 25 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybė įsteigė Krašto apsaugos departamentą, kurio darbuotojai sudėtingomis to meto sąlygomis padėjo pamatus Lietuvos kariuomenės ir krašto apsaugos sistemos atkūrimui.
1991 m. spalio 10 d. Lietuvos Respublikos Aukščiausioji Taryba Audrių Butkevičių paskyrė krašto apsaugos ministru.
Paskyrus krašto apsaugos ministrą, 1991 m. spalio 16 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 435 Krašto apsaugos departamentas, kaip įvykdęs užduotį, buvo likviduotas.
Nors į ministeriją buvo pradėti priimti darbuotojai, tačiau pirmoji Krašto apsaugos ministerijos struktūra patvirtinta tik 1992 m. vasario 3 d. krašto apsaugos ministro įsakymu Nr. 49. Tos pačios dienos įsakymu buvo patvirtinti Krašto apsaugos ministerijos padalinių vadovai.
Patvirtinus naują ministerijos struktūrą, Štabas, iki šiol Krašto apsaugos departamente buvęs savarankiškas juridinis asmuo, tapo ministerijos padaliniu – Jungtiniu štabu.
Parengtai Krašto apsaugos ministerijos struktūrai 1992 m. vasario 18 d. pritarė Vyriausybė ir pavedė krašto apsaugos ministrui suformuoti numatytuosius padalinius.
1993 m. sausio mėnesį krašto apsaugos ministras įsakė per pirmąjį 1993 m. ketvirtį įvykdyti naują krašto apsaugos sistemos reorganizavimą. Paskelbtos reorganizacijos tikslas buvo gerinti krašto apsaugos sistemos veiklą, tobulinti valdymą. Krašto apsaugos sistema buvo suskirstyta į ministeriją, krašto apsaugos sistemą aptarnaujančias tarnybas, ginkluotąsias pajėgas ir Civilinės saugos departamentą.