Bendradarbiavimas su Latvija ir Estija yra vienas pagrindinių Lietuvos tarptautinio bendradarbiavimo prioritetų. Per Baltijos šalių bendradarbiavimo formatus ir darbo grupių susitikimus užtikrinamas glaudus Baltijos šalių bendradarbiavimas, siekiant ilgalaikių NATO bei sąjungininkų sprendimų dėl atgrasymo priemonių regione išlaikymo, Baltijos šalių saugumo interesų atstovavimo tiek NATO, tiek ES formatuose.
2013 m. sausio 29 d. pasirašytas naujas trišalis Lietuvos, Latvijos ir Estijos bendradarbiavimo susitarimas gynybos srityje (angl. Memorandum of Understanding), kuris įtvirtina Baltijos šalių bendradarbiavimo gynybos srityje struktūras. Du kartus per metus vyksta Baltijos šalių gynybos ministrų bei kariuomenių vadų ir gynybos štabų viršininkų susitikimai. Taip pat reguliariai susitinka gynybos politikos direktoriai, atskirų pajėgų vadai bei įvairaus lygio ekspertai. 2025 m. Baltijos šalių bendradarbiavimui pirmininkauja Estija.
Aktyviausiai Baltijos valstybės bendradarbiauja NATO oro policijos, regioninės oro erdvės stebėjimo, regioninės jūrinės aplinkos suvokimo pajėgumo vystymo, karininkų rengimo ir mokymo, bendrų pratybų srityse. Siekiama užtikrinti kuo didesnę Baltijos šalių pajėgų tarpusavio sąveiką ir jų sąveiką su sąjungininkų pajėgomis. Jau ilgus metus vykdomi trišaliai ir dvišaliai projektai – Baltijos karinė jūrų eskadra (angl. BALTRON), Baltijos gynybos koledžas (angl. BALDEFCOL), regioninio jūrinės situacijos suvokimo pajėgumo vystymas (angl. Maritime Situation Awareness, MSA), derinami veiksmai stiprinant regioninę oro gynybą,
2024 m. sausį Lietuvos, Latvijos ir Estijos gynybos ministrai pasirašė ketinimų protokolą dėl bendradarbiavimo stiprinimo, siekiant sukurti efektyvias kontrmobilumo priemones pasieniuose su priešiškomis valstybėmis. „Baltijos gynybos linija“ – tai Lietuvos, Latvijos ir Estijos bendras projektas, skirtas sustiprinti kontrmobilumo pajėgumus ir užtikrinti efektyvų atsparumą galimoms grėsmėms iš rytų. Ši iniciatyva apima tiek fizinę infrastruktūrą, tiek bendrą karinį bendradarbiavimą, siekiant sustiprinti regiono saugumą ir išorinių ES ir NATO sienų apsaugą.
Jungtinės ekspedicinės pajėgos (angl. Joint Expeditionary Force, JEF) yra Jungtinės Karalystės vadovaujamos aukštos parengties ir greitai dislokuojamos pajėgos, sukurtos 2014 m., skirtos reaguoti į netikėtas krizines situacijas, atremti ir atgrasyti hibridines grėsmes ir paremti tarptautinį stabilumą. JEF pajėgos yra skirtos greito reagavimo operacijoms iki NATO 5 str. aktyvavimo ir yra pilnai suderintos su NATO planais.
2021 m. prisijungus Islandijai, JEF sudaro 10 šalių – Jungtinė Karalystė, Estija, Danija, Islandija, Latvija, Lietuva, Nyderlandai, Norvegija, Suomija ir Švedija.
Lietuva dalyvauja bendrose JEF šalių pratybose ir operacijose, JEF operaciniame štabe Nortvude Jungtinėje Karalystėje tarnauja Lietuvos karininkas.
Šiaurės grupė (angl. Northern Group) yra Jungtinės Karalystės vadovaujamas formatas, įkurtas 2012 m. Dalyvauja 12 šalių – 3 Baltijos šalys, 5 Šiaurės šalys, Lenkija, Nyderlandai ir Vokietija. Ši grupė veikia kaip konsultacinis forumas Europos saugumo klausimais, NATO-ES santykių, paramos Ukrainai tematika, kitomis regionui aktualiomis. Susitikimai vyksta gynybos ministrų ir gynybos politikos direktorių formatuose dukart per metus.
Šiaurės ir Baltijos šalių aštuonetukas (angl. Nordic-Baltic Eight, NB8) – neformalus penkių Šiaurės ir trijų Baltijos valstybių bendradarbiavimo formatas. Su Šiaurės šalimis turime reguliarų bendradarbiavimo formatą: kasmet vyksta NB8 gynybos ministrų, kariuomenės vadų, gynybos politikos direktorių, bei ekspertų susitikimai, kurių metu aptariamos Baltijos jūros regiono saugumo aktualijos, praktiniai daugiašaliai kariniai projektai, parama Ukrainai ir Sakartvelui, kt. klausimai.
NORDEFCO (angl. Nordic Defence Cooperation) yra 5 Šiaurės šalių praktinio karinio bendradarbiavimo formatas, įkurtas 2009 m. NORDEFCO yra svarbi platforma saugumo politikos dialogui ir kariniam bendradarbiavimui regione. Lietuva kartu su kitomis Baltijos šalimis siekia giliau įsilieti į šį formatą. Tai yra bendradarbiavimas pagal poreikius šiose srityse: pajėgumų ir ginkluotės vystymas, žmogiškieji ištekliai ir mokymas, pratybos ir mokymai, operacijos.
Estijos mieste Tartu veikiantis Baltijos gynybos koledžas yra vienas sėkmingiausių Baltijos šalių bendradarbiavimo projektų, užtikrinantis aukštesniųjų karininkų parengimą. Jis buvo įkurtas 1998 metų birželio 12 d. Pirmieji 32 studentai iš aštuonių šalių Vyresniųjų karininių kurso studijas pradėjo 1999 m. rugpjūtį.
Kartu tai yra vienintelė NATO šalių Europoje karinė mokymo įstaiga, organizuojanti operacinio lygmens vadų parengimą anglų kalba. Šis koledžas yra aukštai vertinamas daugelyje NATO šalių. Baltijos gynybos koledže mokosi karininkai iš NATO, ES šalių, o taip pat ir iš valstybių dalyvaujančių NATO partnerystės taikos labui programoje. Skatindama glaudesnį NATO bendradarbiavimą su Rytų Europos šalimis, Lietuva remia Sakartvelo, Ukrainos ir Moldovos kariškių studijas Baltijos gynybos koledže.
Koledže yra rengiami Baltijos ir kitų valstybių štabų karininkai ir civiliai pagal penkias mokymo programas: aukštųjų štabo karininkų, jungtinį vadovavimo ir štabo karininkų, civilių tarnautojų, vyriausiųjų puskarininkių ir vyresniųjų vadovų. Didžioji dalis Lietuvos karinių dalinių vadų yra baigę įvairius Baltijos gynybos koledžo kursus.
Baltic Defence College (baltdefcol.org)
Lietuvos, Lenkijos ir Ukrainos bendras karinis vienetas – Didžiojo etmono Konstantino Ostrogiškio brigada (LITPOLUKRBRIG) – įsteigta 2014 m. rugsėjo 19 d. Varšuvoje. Steigdamos ir vystydamos bendrą brigadą šalys siekė trijų pagrindinių tikslų: 1. stiprinti Lietuvos, Lenkijos ir Ukrainos strateginę partnerystę, didinti ir įtvirtinti tarpusavio pasitikėjimą; 2. padėti Ukrainos kariuomenei integruotis ir vykdyti reformas pagal vakarietiškus principus, taikyti NATO standartus ir procedūras, dirbti kartu ir formuoti Lietuvos, Lenkijos ir Ukrainos karių bendrą darbo kultūrą; 3. stiprinti karinį bendradarbiavimą, sukurti ir parengti bendrus pajėgumus, galinčius dalyvauti tarptautinėse operacijose.
Brigados štabas įkurtas Liubline. Aukščiausia karinio vieneto vadovybė – vadas, vado pavaduotojas ir štabo viršininkas – yra rotuojama tarp trijų šalių.
Iki karo projekto tikslas buvo Ukrainos batalionų štabo karininkų rengimas apmokant Ukrainos karius vykdyti vadavietės veiklą, vadovavimo ir valdymo (C2) procedūras, ir kitas funkcijas pagal NATO standartus. Vienas esminių elementų Brigados štabo rengime – pratybų ciklas ir integracija į divizijos lygmens pratybas. Ukrainos karių patirtis ir žinios perduodamos Ukrainos gynybos sektoriui siekiant sisteminio poveikio.
2022 02 24 prasidėjus Rusijos karinei agresijai prieš Ukrainą, Ukrainos gynybos ministerijos prašymu, LITPOLUKRBRIG štabe buvo įkurta operacija „Susivieniję dėl taikos“ (angl. „United for Peace“), kurios tikslas padėti kariaujančiai Ukrainos kariuomenei. Vykdomos 5-ios pagrindinės užduotys: 1) taktinis-operacinis situacijos Ukrainoje stebėjimas, 2) užsienio partnerių paramos Ukrainai logistikos koordinavimas Žešovo oro uoste 3) sienos kirtimo koordinavimas, 4) pagalba Ukrainos konsulate Lenkijoje susijusi su savanorių registravimu, 5) paramos pabėgėliams koordinavimas Liublino vaivadijoje. Taip pat, be operacijos „Susivieniję dėl taikos“, brigada vykdo ir Ukrainos batalionų štabo karininkų rengimą Lenkijoje (EUMAM rėmuose) bei Vokietijoje (JAV mokymai) ir Latvijoje (Kanados mokymai).