Teisinis pagrindas bendradarbiavimui gynybos srityje. 2012 m. atnaujintas susitarimas dėl bendradarbiavimo gynybos srityje, kuris pakeitė 2002 m. pasirašytą susitarimą. 2004 m. pasirašytas dvišalis susitarimas dėl karinių studijų Lietuvos karo akademijoje.
Karinis diplomatinis atstovavimas. 2008 m. Lietuva paskyrė gynybos atašė Azerbaidžanui, kuris reziduoja Tbilisyje.
Azerbaidžanas nėra paskyręs karinio atstovo Lietuvai.
Dvišalis bendradarbiavimas pagal kasmet pasirašomus dvišalius planus vyksta tokiose srityse kaip karinė aplinkosauga, informacijos apsauga, gynybos vadyba, karinio mokymo sistemos kūrimas, teisinės sistemos kūrimas, pagrindinių gynybos dokumentų rengimas, kibernetinis saugumas, viešieji ryšiai, išminavimas, karo medicina, anglų kalbos testavimas. Azerbaidžano karininkai buvo kviečiami stebėti pratybų.
Gynybos ministrai ir kiti ministerijų ir kariuomenės pareigūnai dvišalių susitikimų ir konsultacijų metu aptaria aktualiausius bendradarbiavimo klausimus. Azerbaidžano karininkai nuo 2004 m. Lietuvos lėšomis mokomi anglų kalbos ir karininkų karjeros kursuose Lietuvos karo akademijoje, kurį laiką finansavome studijas Baltijos gynybos koledže. Nuo 2008 m. kviečiami į karo medikų kursus.
Daugiašalės iniciatyvos. Lietuvos atstovas kurį laiką dalyvavo NATO Karinio rengimo tobulinimo programos (angl. DEEP – Defence Education Enhancement Programme) vadovaujamoje ekspertų grupės, kurios tikslas – padėti Azerbaidžanui reformuoti karinio rengimo sistemą pagal NATO standartus, veikloje. Lietuva konsultavo Azerbaidžaną dėl puskarininkių rengimo sistemos pertvarkos.
