Salmoneliozės protrūkis J.Vitkaus inžinerijos batalione kilo dėl maisto paruošimo technologijos ir higienos normų nesilaikymo. Tokią išvadą pateikė Krašto apsaugos ministerijos Generalinė inspekcija, atlikusi savo tyrimą batalione ir apibendrinusi Sveikatos apsaugos ir Krašto apsaugos ministerijos prevencinės medicinos ir higienos ekspertų tyrimus.
Patikrinus Inžinerinio bataliono maisto bloką, nustatyta, kad rugpjūčio 29 d. buvo pažeisti reikalavimai, taikomi viešojo maitinimo įmonėms. Susirgimo salmonelioze priežastimi tapo karių pietums pagaminti bifšteksai su kiaušiniais. Kiaušiniai buvo nuplauti, tačiau nedezinfekuoti.
Tyrimo metu taip pat nustatyta, kad batalione nevykdytas nurodymas liepos-rugpjūčio mėnesiais karių maitinimui naudoti epidemiologiniu požiūriu mažiau pavojingus produktus. Tačiau rugpjūčio 29 d. valgiaraštyje buvo varškė, bifšteksas su kiaušiniu, virtų daržovių mišrainė su mėsa, grietinės-spirgų padažas. Nepakankamai apdorojus šiuos produktus, į maistą pateko ligos sukėlėjas.
Inžinerinio bataliono vado įsakymu už tarnybos pareigų neatlikimą drausminės nuobaudos paskirtos už karių maitinimo organizavimą atsakingam puskarininkiui, V.Aleksejenko, valgyklos viršininkės pareigas einančiai jaunesniajai seržantei A. Sinkevičienei ir vyriausiajam virėjui, grandiniui T.Koknajevui.
Generalinė inspekcija rekomendavo sustiprinti maisto paruošimo ir higienos normų kontrolę, išplėsti Karių visuomenės sveikatos priežiūros ir prevencinės medicinos padalinį, parengti tipinius maisto bloko higienos normų ir įrangos reikalavimus.
Po rugpjūčio 29 d. į Kauno klinikinę infekcinę ligoninę buvo paguldyti 74 Inžinerinio bataliono kariai. Keturiolikai iš jų bakteriologiniais tyrimais buvo nustatyta salmoneliozė, o 60 karių šis susirgimas diagnozuotas, remiantis pacientų nusiskundimais ir pasireiškusiais ligos požymiais.
Rugsėjo 11 d. iš ligoninės išrašyti ir į dalinį sugrįžo paskutiniai du kariai.