Kibernetinio saugumo politiką formuojančių ir įgyvendinančių institucijų tarpinstitucinis bendradarbiavimas yra svarbus, nes padeda užtikrinti koordinuotą sprendimų priėmimą, nuoseklų kibernetinio saugumo reikalavimų įgyvendinimą ir vieningą reagavimą į kibernetines grėsmes.
Krašto apsaugos ministerija, Užsienio reikalų ministerija, NKSC, Lietuvos policija ir Valstybinė duomenų apsaugos inspekcija bendradarbiauja tarpusavyje bei su kitomis valstybės institucijomis, įskaitant Ryšių reguliavimo tarnybą, kitas kompetentingas institucijas pagal Reglamentą (ES) Nr. 910/2014 dėl elektroninės atpažinties ir elektroninių operacijų patikimumo užtikrinimo ir Reglamentą (ES) 2022/2554 dėl skaitmeninės veiklos atsparumo finansų sektoriuje, taip pat su taip pat Nacionaliniu krizių valdymo centru, įskaitant keitimąsi informacija apie incidentus, kibernetines grėsmes ir vos neįvykusius incidentus.ES valstybių narių kompetentingos institucijos taip pat bendradarbiauja tarpusavyje, siekdamos padėti viena kitai valdyti kibernetinio saugumo rizikas, incidentus, dalintis patirtimi ir informacija. Siekdamas šio tikslo, NKSC, gavęs kitos valstybės narės kompetentingos institucijos pagrįstą savitarpio pagalbos prašymą, turi pareigą ir teisę vykdyti kibernetinio saugumo subjektų patikrinimo ir (ar) vykdymo užtikrinimo priemonių veiksmus, numatytus įstatyme.
