Teisinis pagrindas kariniam bendradarbiavimui. 2023 m. spalio 19 d. Tokijuje pasirašytas susitarimas dėl bendradarbiavimo gynybos srityje
Karinis diplomatinis atstovavimas. 2022 m. spalio mėn. akredituotas pirmasis Japonijos gynybos atašė Lietuvai.
2023 m. sausio mėn. paskirtas gynybos patarėjas Lietuvos ambasadoje Japonijoje.
Dvišalis karinis bendradarbiavimas. Aktyvus Lietuvos ir Japonijos bendradarbiavimas gynybos ir saugumo klausimais vyko Afganistano Goro provincijos atkūrimo grupėje 2009–2013 m. Japonija per visą paramos laikotarpį Goro provincijoje finansavo projektų už 50 mln. dolerių.
Nuo 2021 m. vyksta aukšto lygio susitikimai, parengtas pirmas metinis dvišalio bendradarbiavimo planas 2026 m., bendradarbiavimo sritys – politinis dialogas, kibernetinis saugumas, karinės pratybos, karinis švietimas, akademiniai mainai, gynybos pramonė, strateginė komunikacija, parama Ukrainai.
2024 m. Japonija prisijungė prie Lietuvos ir Islandijos vadovaujamos Ukrainos Išminavimo koalicijos, instruktoriai Lietuvoje prisideda prie išminavimo mokymų, skirtų Ukrainos kariams.
